Madrasah Aliyah Negeri (MAN) 6 Jakarta memiliki fasilitas yang telah di Akreditasi, sehingga MAN 6 Jakarta saat ini telah menjadi Kategori Sekolah Mandiri menuju Madrasah Standar Nasional (MSN).
Beberapa Fasilitas yang ada di MAN 6 Jakarta adalah :
- RUANG KELAS
- RUANG PERPUSTAKAAN BER AC
- RUANG LABORATORIUM BIOLOGI BER AC
- RUANG LABORATORIUM FISIKA BER AC
- RUANG LABORATORIUM KIMIA BER AC
- RUANG LABORATORIUM KOMPUTER BER AC
- RUANG LABORATORIUM BAHASA BER AC
- RUANG GURU
- RUANG TATA USAHA
- LAPANGAN OLAH RAGA
- PARKIR